保健所とは、地域住民の健康の保持増進や公衆衛生の向上を目的とし、食品衛生、医療機関の監督、感染症対策、生活衛生指導など幅広い業務を担う地方行政機関です。
民泊事業との関係では、旅館業法に基づく旅館業の許可や、住宅宿泊事業法に基づく住宅宿泊事業の届出に関する事務を所管しています。旅館業の許可権限および住宅宿泊事業の届出の受理は原則として都道府県知事が行いますが、保健所を設置する市（政令指定都市・中核市等）や特別区では、その長がこれらの事務を行います。
民泊を営む場合には、物件所在地を管轄する保健所等へ必要書類を提出し、衛生基準や構造設備基準への適合確認を受けます。営業開始後も、保健所は立入検査や指導を実施する権限を有し、違反が認められる場合には業務改善命令や営業停止命令などの行政処分が科されることがあります。
